Pepperrot er kjent for sin skarpe og krydrede smak som gir et løft til mange retter. Den brukes ofte revet som smakstilsetning i sauser, dressinger og supper. Pepperrot er et klassisk tilbehør til fisk, kjøtt og roastbiff, og kan også blandes med rømme eller kremost for en mildere smak. Den egner seg godt i marinader, eller som et krydderdryss på potetretter og grønnsaker.
Fersk pepperrot bør oppbevares i kjøleskapet, pakket inn i plastfolie eller i en lufttett beholder for å forhindre uttørking. Den holder seg fersk i opptil to uker. For lengre lagring kan pepperrot fryses i mindre biter og raspes direkte fra fryseren ved bruk. Dette bevarer både smak og skarphet over tid.